（1）造成學習障礙的確切成因目前並無定論，大致分為中樞神經系統病變、生化系統不平衡和環境因素等三種。而中樞神經功能異常的原因則包括基因遺傳和發展階段的腦部病變。

（2）國外最新的醫學研究發現學習障礙可能和大腦皮質的神經細胞異位有關，研究顯示一部份的學習障礙可能和遺傳相關或是生產前或生產時胎兒腦部發育受損有關。發展階段的病變方面，包括產前、產中、產後各階段對腦部發育之不利因素所致，例如：產前母親營養不良、服藥不當、酗酒磕藥等；生產過程中嬰兒腦部出血或是缺氧受損、早產；產後疾病感染（如腦膜炎）、腦血管疾病、意外傷害、鉛中毒等也會造成腦傷或腦功能失調。